2019年11月21日，沈阳的车女士“双十一”购买的三只松鼠足迹面包，打开后竟发现包装内有一只苍蝇。车女士在与客服取得联系之后，客服称赔偿其300元。但车女士对此处理意见并不满意。
据了解，三只松鼠在2014年至2017年上半年曾因食品安全管理问题受到过多次行政处罚和多起客户诉讼。
2019年10月17日，用户ylpn1aiv5k在黑猫投诉发布，“买的三只松鼠大礼包里的蟹黄蚕豆吃到一块很锋利的玻璃块，嘴都划破了，本来给女儿买的，还好她不吃豆类，想想都后怕”。18日，用户ylpn1aiv5k接着回复“售后敷衍了事，就愿意补偿两包小坚果意思意思，那么大一块锋利的玻璃裹着蟹黄混在里面不是要小孩子的命啊，居然还是无所谓的样子，只知道自己利益不顾百姓健康的企业就是黑心无良的商家，还满口说你有什么依据让我们赔付500元 ，真是可笑，我们客户就那么不值钱啊”。
2019年7月26日，用户匿名在黑猫发起投诉，“青梅变质，三只松鼠一直要求寄回产品，追问寄回后的处理结果，一直扯皮最后给出十倍赔偿75元的结果，我问难道不应该按照食品安全法进行赔偿吗?对方一直强调，我理解的法律片面了，不是明面上那个意思，一直给我洗脑解释他们的理解，而且一直强调他们的品牌和品控都非常厉害，层层检测什么的，完全就是推卸责任，我们很好肯定不是我们的问题，随后我通过广东法律服务网法律咨询智能机器人得到应该索求赔偿的结果，随后我通过12348咨询了陈晨晓律师得到明确答复只要证明食品变质就可以按照食品安全法要求额外赔偿一千元，也就是三只松鼠一直在误导我，希望惩罚他们”。27日，用户接着回复“早上九点说一直跟进，现在是晚上10点40，完全没有任何反馈，请问跟进什么了?”。
登录聚投诉平台查询发现，针对三只松鼠的投诉帖已有上百条，其中包含诸多关于产品质量安全方面的内容，譬如“新拆的零食长毛发霉”“三只松鼠旗舰店手撕面包发霉”“三只松鼠夏威夷果有虫眼”等等。
一位梁姓消费者投诉称，“买的三只松鼠零食，整包发霉长毛发恶臭，估计里面还有虫子，这是垃圾还是零食?”该投诉于2018年8月28日发布，聚投诉平台显示“已将您的投诉信息转达给@阿里客服，并通过旺旺号转达给被投诉商家客服(三只松鼠旗舰店:鼠小初 )”，但目前该投诉仍显示“处理中”。
2017年8月15日，国家食药监总局网站公布最新一期的食品安全抽检信息，有3批次样品被检出不合格，分别为：三只松鼠股份有限公司生产的开心果、沃尔玛销售的AsoloDolce原味千层酥以及印度尼西亚PT MAYORA INDAH Tbk生产的巧贝特饼干。
公告显示，三只松鼠于2017年1月22日生产的开心果(225g/袋)被检出霉菌不合格，其检出值为70 CFU/g。而根据《食品安全国家标准 坚果与籽类食品》(GB 19300-2014)中规定，熟制坚果与籽类食品霉菌的最大限量值为25 CFU/g。
这也意味着，三只松鼠涉事开心果被检出的霉菌不合格项目，要比国家标准规定高出1.8倍之多。
有业内人士指出，三只松鼠食品安全问题频发，主要原因或在于其供应链把控不严，“三只松鼠的很多产品都是代工厂生产的，出现食品安全问题有两种可能，一是成本问题，供应商工厂不达标;二是管理问题，三只松鼠没有做好供应商把控和产品出厂检测。”
三只松鼠的代工厂究竟有多不靠谱?据报道，三只松鼠原供应商之一的杭州临安杭派食品有限公司(下称“杭派公司”)曾因查不到生产许可证等问题，于2016年9月被消费者告上了法庭，并败诉赔偿消费者。
三只松鼠招股书显示，杭派公司曾是三只松鼠2014年的第一大供应商、2015年的第三大供应商，三只松鼠在2014年和2015年对其采购金额分别高达11091.6万元和8381.56万元。
今年5月三只松鼠冲刺IPO期间，发审委也曾对三只松鼠的代工模式提出了疑问，要求其说明公司采用外包生产方式的原因及合理性、是否存在对外协加工商的重大依赖等情况。
在一位行业人士看来，代工工厂与品牌企业存在不可调和的矛盾，品牌企业需要低价高质量的产品，但是代工企业也有自己的利润需求，在控制运营成本的情况下，往往不太愿意增加设备、投入精力去解决品牌企业提出的需求。